Schwarzweiße Varis zählen zu den bedrohten Arten, die Gründe dafür liegen einerseits in der Zerstörung ihres Lebensraumes durch Brandrodungen, Abholzungen und den Bergbau. Andererseits zählen sie zu den am häufigsten bejagten Lemurenarten, ihre großen Ausmaße, ihre Tagaktivität und ihre lauten Rufe machen sie zu einem leichten Ziel für Jäger. Die IUCN schätzt, dass die Gesamtpopulation in den letzten 27 Jahren um über 80 % zurückgegangen ist und listet die Art als „vom Aussterben bedroht“ (critically endangered).
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